В 1901 – 1902 гг. был построен Московский епархиальный дом, в центре которого находился храм равноапостольного князя Владимира с примыкающей к нему просторной палатой. Храм был освящен будущим священномучеником Владимиром (Богоявленским). В этом здании проходил Всероссийский Поместный Собор 1917-1918 гг. Одним из судьбоносных решений которого было восстановление Патриаршества и избрание святейшего Патриарха Тихона. В 1922 году храм был упразднен. В 1930-е – 1950-е гг. все здание было полностью перестроено.

В 1992 году Православный Свято-Тихоновский богословский институт стал добиваться возвращения этого здания Церкви с целью размещения здесь учебных классов. По просьбе ректора протоиерея Владимира Воробьёва Патриарх Алексий II направил письмо Президенту Борису Ельцину с просьбой вернуть здание Церкви. В ответ последовал отказ. Через некоторое время стало известно, что студия документальных фильмов, которая располагалась в доме, затеяла процедуру ложного банкротства с целью данное здание продать в частные руки.

«Дом был продан, и мы начали судиться, – рассказывает настоятель храма протоиерей Владимир Воробьев. Сначала проиграли 20 судов, не понимая, почему, – у нас ведь был совершенно очевидный иск: дом – церковная собственность, построен Церковью на церковные деньги, изначально принадлежал Церкви, внутри дома – храм. Наконец, нашли адвоката, специалиста по ложным банкротствам, и он нам объяснил причину судебных проигрышей. Перед каждым заседанием наш иск немного изменяли без нашего ведома, и он становился проигрышным. Теперь наш адвокат так сформулировал иск, что его уже нельзя было незаметно изменить. «Теперь вы выиграете», – утверждал он. За день до этого 21-го суда нашего адвоката расстреляли. У него осталась семья, дети. Но мы выиграли суд».

Прежний владелец стал подавать апелляции. Прошло ещё 9 судов, все они были выигрышными для ПСТБИ. Последний суд состоялся в 2004 году. Здание к тому моменту было в аварийном состоянии. В 2005 г. после 30 судов здание Епархиального Дома было возвращено Русской Православной Церкви для Православного Свято-Тихоновского Гуманитарного Университета. С 2006 г. по 2015 г. проходили очень большие реставрационные работы.

На первом этаже под Владимирским храмом был сооружен придел в честь Святителя Тихона и святых Отцев Всероссийского Поместного Собора 1917-1918 гг. Первая Литургия в нем была  совершена 20 февраля 2010 г. В этот же день строящееся здание посетил Святейший Патриарх Кирилл.

26 июля 2015 года Святейший Патриарх Кирилл совершил чин великого освящения верхнего домового храма равноапостольного князя Владимира, а также нижнего храма, возглавив Божественную Литургию в новоосвящённом храме.

27 июля 2015 года комплекс посетили Презедент российской Федерации Владимир Путин и мэр Москвы Сергей Собянин.

В настоящее время в храмах Московского епархиального дома совершается ежедневное богослужение с участием преподавателей и студентов ПСТГУ и ПСТБИ. По будням в 16.30 совершается вечерня и в 6.40 утреня и Литургия. По воскресным и праздничным дням - всенощное бдение в 17.00 и Божественная Литургия в 8.30.