Церковь Живоначальной Троицы в Вишняках известна с 1642 года. Первый каменный храм построен в 1678 году «головами московских стрельцов Матвеева приказа Вишнякова». Существующее здание церкви постройки 1815 года освящено 18 мая 1824 года святителем Филаретом (Дроздовым). Колокольня перестраивалась в 1826-1827 гг. по проекту архитекторов Ф.М. Шестакова и Н.И. Козловского.

В 1706 году был устроен правый придел во имя Иерусалимской иконы Божией Матери. Левый придел устроен в 1763 году в честь Пророка Илии.

В 1920-х годах храм был закрыт. В 1991 году возвращен верующим. 8 июня 1994 года Святейший Патриарх Алексий II вновь освятил главный придел. Вскоре он же освятил боковые приделы: правый – в честь Благовещения Пресвятой Богородицы (престольный праздник 25 марта/7 апреля), левый – во имя Святителя Тихона, Патриарха Московского и Всея России и новомучеников и исповедников Российских (престольные праздники 26 сентября/9 октября, 5/18 ноября, ближайшее воскресенье к 25 января/7 февраля, 25 марта/7 апреля).

В храме находятся чтимые иконы Святителя Тихона и Великомученицы Варвары с частицами мощей, Святого мученика Уара.

Богослужение в Троицком храме совершается утром в 7-00 и вечером в 17-00. Храм открыт ежедневно между утренним и вечерним боголужениями.

Является одним из базовых храмов Православного Свято-Тихоновского Гуманитарного Университета.