Приход храма Святителя Николая в Кузнецкой слободе впервые упоминается в 1624 году, но существует с конца XV века. Церковь первоначально была деревянной. По клировым ведомостям первый каменный храм заложен в 1681 году, освящен в 1683 году.

Существующее здание церкви с главным алтарем построено в 1805 году, трапезная с приделами – в 1847 году. Колокольня постройки 1681-1683 гг. в 1847 году была перестроена и получила новый архитектурный декор.

Главный придел освящен во имя Святителя Николая Мирликийского Чудотворца (престольный праздник 9/22 мая, 6/19 декабря). Южный придел – во имя Преподобного Сергия Радонежского (престольный праздник 25 сентября/8 октября, 5/18 июля), известен с 1722 года.

Северный придел был устроен в 1766 году во имя священномученика Василия Амасийского. В 1849 году этот придел был заново освящен святителем Филаретом (Дроздовым) в честь праздника Введения во храм Пресвятой Богородицы (престольный праздник 21 ноября/4 декабря).

С 1992 года является основным храмом Православного Свято-Тихоновского Гуманитарного Университета.

1 апреля 2012 года произошло знаменательное событие в истории храма ­­– Святейший Патриарх Кирилл совершил Великое освящение главного и Сергиевского приделов.